Patrick Naef est né le 31 décembre 1963 à Fribourg.
Après l’obtention de son baccalauréat (latin – grec) en 1982 au collège Saint-Michel, il entre en classe professionnelle au Conservatoire de Fribourg et obtient son diplôme d’enseignement de la clarinette en 1985 dans la classe de Frédéric Rapin.
Il est ensuite admis dans la classe de clarinette de Thomas Friedli au Conservatoire supérieur de Genève et obtient en 1988 son diplôme de virtuosité. Il a également bénéficié entre autres, des conseils de W. Boyekens, K. Leister et G. de Peyer.
Patrick Naef enseigne la clarinette au Conservatoire de Fribourg depuis 1982. Il a donné des récitals de musique de chambre en Suisse et au Japon (Tokyo et Hiroshima). Il collabore également régulièrement aux formations orchestrales de la région (Orchestre de chambre de Villars-sur-Glâne, Orchestre des Jeunes de Fribourg, …). Il est régulièrement invité comme jury pour les examens de passage au Conservatoire de Musique de Genève ou au Concours Suisse pour la Jeunesse (CSMJ). Depuis septembre 2016, il est doyen des classes de « Bois » au Conservatoire de Fribourg
Patrick Naef a également suivi des cours de chant au Conservatoire de Fribourg. Depuis 1992, il dirige le chœur mixte de St-Maurice (Fribourg) . De 1997 à 2019, il a dirigé direction de la Maîtrise de Villars-sur-Glâne. Depuis septembre 1999, il dirige également le « Ökumenischer Chor Freiburg ».